Как было показано выше, в 90-е гг. власти приграничных регионов нередко бросали открытый вызов московской политике в отношении Китая и проводили свой курс, который определялся внутренними условиями в конкретном регионе. Долгое время, особенно после того, как должность регионального губернатора стала выборной и региональные руководители по должности вошли в Совет Федерации, Москва имела лишь ограниченное влияние на региональные дела. Одним из самых ярких примеров этого стал конфликт Москвы с приморским губернатором Е. И. Наздратенко, которого ни президенту, ни всесильному в то время А. Б. Чубайсу не удавалось снять с должности, несмотря на его прямую оппозицию Кремлю, в том числе и по пограничному вопросу. Удалить Е. И. Наздратенко с поста губернатора удалось лишь в феврале 2001 г. В. В. Путину, возложив на него ответственность за катастрофический энергетический кризис в крае.

Время от времени тот или иной московский лидер проникался идеей о «желтой опасности». Так, министр строительства Е. В. Басин в 1995 г. в интервью официальной газете, говоря об Амурской области, утверждал: «Край здесь благодарнейший, плодородный, с мягким климатом. И земли сколько угодно… Освоив же эту землю, можно сделать край богатейшим. Это очень быстро поняли китайцы и корейцы, буквально оккупировавшие наш Дальний Восток. Того и гляди объявят его суверенной узкоглазой республикой» . Бывший российский министр обороны И. Н. Родионов однажды назвал Китай среди государств Азии, вызывающих серьезную озабоченность России наращиванием наступательных возможностей своих вооруженных сил (хотя в то же время пытался активизировать продажи вооружений Пекину) . В июне 2000 г. Комитет Госдумы по делам Федерации и региональной политике распространил информацию о положении в Амурской области, где упоминалась мнимая «скрытая экспансия» китайцев на территорию РФ, в частности в Амурскую область и Дальневосточный регион и предлагался ряд мер, чтобы ей противостоять .

В целом подобные настроения на федеральном уровне были довольно редки. Не считая некоторых депутатов Госдумы из радикально-националистического лагеря, наиболее популярны они были в Совете Федерации, где довольно сильным было влияние антикитайски настроенных дальневосточных лидеров. Например, бывший заместитель председателя Совета Федерации, вице-президент Республики Татарстан В. Н. Лихачев полностью соглашался с выводами В. С. Мясникова о «китайской экспансии» и, как и радикальные националисты, заявлял, что объективно интересы России заключаются в обращении этой экспансии на юг, в сторону Тайваня, Сингапура и всей Юго-Восточной Азии «с формированием устойчивого американо-китайского и японо-китайского противостояния, при закреплении за Россией роли «доброго соседа», т. е. на деле «третьего радующегося». По его мнению, «катализация» китайской активности в южном направлении возможна лишь в случае прочности «российской дамбы» на севере», в связи с чем В. Н. Лихачев вспоминает известное высказывание Александра III о том, что у России лишь два надежных союзника — армия и флот .