В 1644 году правители династии Цин объявили столицей город Пекин. Вслед за тем они объединили Китай. Следуя исторической традиции Цины установили суверенные права на Тибет. Если только прежние чиновники сдавали старую казенную печать и получали новую печать, их должностные посты сохранялись за ними. В 1652 году Далай 5-й по приглашению цинского императора Шуньчжи прибыл в Пекин, а на следующий год был официально титулован. Таким образом титул и место Далай-Ламы в системе администрации и культовых кругах Тибета были официально утверждены. С тех пор обязательным стало назначение Далай-Ламы центральным правительством Китая. А что касается нижестоящих должностных лиц, то кандидатуры их подбирались совместно главным наместником Цинов в Тибете и Далай-Ламой.

На основе обобщения опыта практики династий Юань и Мин цинские правители в соответствии с реальной обстановкой и изменившейся ситуацией произвели в Тибете всестороннюю важную перестройку системы правления.