В 1227 году монголы разгромили Сися. В 1247 году глава секты Сакья – Пандита провел в Лянчжоу (Увей пров. Ганьсу) переговоры с монгольским принцем Годаном о присоединении к Монгольскому Ханству района Усцзана (нынешних Лхасы, Шигацзе, Нгари). Стороны обговорили наделение чиновничьими званиями предводителей племен. В 1271 году монгольский хан Хубилай провозгласил новый девиз государства – Юань, Усцзан стал составной частью единой многонациональной империи и официально стал фигурировать на карте Китая.

После объединения Китая под властью династии Юань ее правители предприняли целый ряд важных административных мероприятий.

– Прежде всего на уровне центрального правительства был учрежден Департамент по делам Тибета (в 1288 году был переименован в Управление по делам буддизма). Начальником Управления как правило был по совместительству премьер-министр, заместителем начальника назначался чиновник из монашеского сословия по приказу императорского наставника.

– С центра до мест на посты высокопоставленных религиозных и гражданских чиновников были назначены тибетцы. Так в 1260 году Хубилай присвоил высокопоставленному монаху секты Сакья – Пакпа титул «государственного наставника» (в 1270 году присвоил еще более высокий титул «императорского наставника»), поручив ему управление делами буддизма в масштабе Китая и управление делами района Усцзан, тем самым введя Пакпу в элиту работников центрального правительства. То был первый в истории случай учреждения центральным правительством сана верховного монаха. Впоследствии это стало регламентированной традицией. А назначение, снятие с поста, повышение и понижение в ранге, поощрение и наказание правительственных чиновников района Усцзан отныне стало производиться с санкции центрального правительства.

–Тибет был разделен на несколько административных районов. Центральное правительство династии Юань учредило три Комиссариата по умиротворению: в Усы (Передний Тибет), в Цзане (Задний Тибет) и в Нгари Корсум. Все они непосредственно подчинялись Управлению по делам буддизма. В Усы были учреждены 13 контор (фу) десятитысячных подразделений и некоторое количество тысячных подразделений. Начальники контор отвечали за сбор налогов. В главном городе Усыцзана (ныне Сакья) был посажен чиновник, назначенный императорским двором. В его обязанности входило оказывать содействие комиссарам в управлении десятитысячных подразделений.

При династии Юань области, подчиненные Управлению по делам буддизма, были учреждены специально для административного управления районов, населенных тибетцами. Всего было три таких области. Это подразделение заложило основу административной системы тибетских районов в период Мин и Цин.